С сюжетом Assassin's Creed Brotherhood мы уже ознакомились, теперь же перейдем к побочным миссиям, которых здесь тоже предостаточно.

Последователи Ромула

Начиная со второй части, ни один Assassin's Creed не обходится без поисков крутого костюма или оружия. В "Братстве" нас еще в сюжетной части знакомят с языческой сектой поклонников Ромула, которые прячутся в средневековых "заброшках", катакомбах и канализациях. Чтобы забрать доспехи и кинжал Брута, необходимо пройти шесть заданий (вместе с сюжетным), в основном, на внимательность и прыжки по перекладинам (иногда забег за очередным "блохастым" сектантом по определенному маршруту).

Машины Леонардо

Еще четыре испытания, за которые Эцио получает апгрейд - парашют. Для начала нас находит Леонардо, дает нам пару "обновок", которые мы потеряли в Риме, а затем рассказывает о машинах, которые его заставил сконструировать Чезаре Борджиа. Пулемет приходится уничтожить еще в сюжетной кампании, а с остальными тремя агрегатами можно разобраться уже в свободное время.

Убежища тамплиеров

Два дополнительных задания, похожих на "Последователей Ромула", только вместо ключей от сокровищницы Эцио находит большой сундук с тамплиерским крестом вместо замка.

Кристина

Три задания, возвращающие Эцио почти на тридцать лет назад. В них кратенько рассказывается, как он познакомился со своей возлюбленной Кристиной и что происходило с ними во время действия Assassin's Creed II.

Коперник

Несколько заданий, в которых Эцио помогает беглому ученому-тамплиеру Николаю Копернику избежать смерти за его научные взгляды и теории.

Герметисты

Леонардо да Винчи делится с Эцио своими исследованиями учения Пифагора, после чего пропадает. Как оказывается, его похищают очередные сектанты, на этот раз герметисты, которые мечтают найти спрятанный где-то в Риме древний храм с великими знаниями (да-да, очередной храм Предтеч). Так что Эцио придется не только стокнуться с недружелюбными ребятами в рыжих балахонах, но и изрядно порисковать своей шеей, чтобы разгадать загадки Леонардо и найти этот древний "пифагорейский" храм. По сути, здесь мы получаем прямую отсылку к будущей Assassin's Creed III.